文章目录

1 材料与方法

1.1 样品采集

1.2 样品中DNA的提取及PCR扩增

1.3 测序数据处理

1.4 生物信息学分析

1.5 16S rRNA和ITS功能预测分析

1.6 数据的统计与分析

2 结果与分析

2.1 序列拼接质控与OTUs聚类分析

2.2 微生物群落的Alpha多样性分析

2.3 微生物群落的Beta多样性分析

2.4 不同地区患病牛上呼吸道中的微生物品种鉴定及菌群结构分析

2.5 上呼吸道微生物功能预测

3 讨论

3.1 呼吸系统疾病牛鼻咽部菌群多样性

3.2 呼吸系统疾病牛鼻咽部菌群中的致病菌

3.3 呼吸系统疾病牛鼻咽部菌群功能预测

4 结论

文章摘要:为研究患呼吸系统疾病(BRD)的牛鼻咽部微生物的多样性及其基因功能,搜集贵州省不同地区3个牛场的患病牛鼻拭子(分别为R1、R2和R3组),利用Illumina高通量测序技术鉴定牛鼻咽部微生物多样性。平均得到细菌类有效序列64 128条,聚类为3 675个操作分类单元(OTUs);真菌类有效序列65 472条,聚类为2 646个OTUs。经分类学鉴定,细菌类属32个门、52个纲、124个目、233个科和582个属;真菌类属14个门、32个纲、97个目、223个科和407个属。细菌中的优势菌群为拟杆菌门(19.19%～47.15%)和变形杆菌门(16.04%～48.53%);属水平下,致病性细菌有支原体(0.68%～7.82%)、曼氏杆菌(0.19%～3.06%)、不动杆菌(0.74%～10.92%)、巴氏杆菌(0.44%～3.97%)和金黄杆菌(0.25%～2.75%)等。真菌中的优势菌群为子囊菌门(40.73%～61.4%)和担子菌门(6.88%～24.3%);属水平下,致病性真菌有曲霉菌属(1.19%～16.26%)、假丝酵母属(0.19%～7.6%)和克柔氏菌属(2.28%～45.1%)等。细菌类KEGG功能分类注释显示,R1组和R2组代谢类的相关通路丰度增加,R3组疾病感染、信号转导等相关通路丰度增加。真菌功能注释显示3组样品中均存在动物病原菌丰度增加。结果表明,患BRD牛鼻咽部微生物组成相似,但相对丰度存在差异;除常见的菌群外,还存在致病性细菌和真菌。

文章关键词:牛呼吸系统疾病,高通量测序,16S rRNA,鼻咽部微生物,微生物多样性,功能预测,

论文作者:张静¹ 张涛² 卢昱希² 任荣清² 黄波¹ 周思旋² 王婧¹ 赵春萍¹ 史开志¹ 张雄¹ 

论文分类号: S858.23

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文章来源：《今日畜牧兽医》 网址: http://www.jrcmsy.cn/qikandaodu/2021/0904/877.html